PKBM Anugrah menyelenggarakan 3 metode dalam pembelajaran. Pertama yaitu Tatap muka sebagai metode pertama, Kedua Online dimana PKBM Anugrah sudah bekerjasama dengan Aplikasi Scola sebagai aplikasi belajar Online. Ketiga adalah Mandiri di mana siswa memiliki hak akses ke digital library kami yaitu modul online yang bisa diakses di website.